Kuzco, junto con sus amigos : Malina y Kronk, intentan sobrevivir a la conspiracion contra Kuzco en la Academia Kuzco. El argumento se basa en que como Kuzco nunca fue a la academia, para ser emperador, Kuzco debe aprobar todas las asignaturas de la academia, pero Yzma (quien se ha convertido en directora) tratará de hacer que repruebe sus asignaturas para que Kuzco no vuelva a ser el enperadory ella pueda apoderarse de su imperio. Para ello, Yzma se convertirá en Amzy (Amzy es Yzma al revés), la directora de la academia. En esta serie Kuzco es convertido en conejo, ratón, pájaro y otras cosas. Kuzco vive en la casa de Pacha en una vida mas humilde, ya que no puede acceder a las riquezas del imperio. Kuzco siente una atracción por Malina, pues la considera muy linda, pero aunque ella también siente algo parecido se molesta con él cuando es egoísta, presumido o flojo, que es casi todo el tiempo